两者的主体不同、行为性质不同、转移条件与程序不同、交易市场不同。

1、国有土地使用权出让是指土地使用者向国家交付土地使用权出让费用，国家将土地使用权在一定的年限内让予以土地使用者的行为。

2、国有土地使用权转让是指首次从国家取得土地使用权的个人或者集体将其土地使用权以有偿方式在一定时期内出让，租借给他人的经济行为。通常是指城市土地使用权的转让。一是对土地所有者和土地使用者依法享有的占用、收益及处分权进行保护。二是对土地所有者和使用者的这些权利进行限制和调节。

3、国有土地使用权出让与转让主体不同：

（1）出让主体：国有土地所有者，即国家，由法律授权的县以上人民政府予以具体实施。

（2）转让主体：取得国有土地使用权的土地使用者。

4、行为性质不同：根据物权理论，出让，他物权设定。转让：他物权转移。

5、转移条件与程序不同：出让条件无限制，签订出让合同，缴出让金，即可办证。转让条件有限制，转让须经申请、审批或补办出让手续，缴纳税费，方可登记过户。

6、交易市场不同：出让，一级市场，即国家作为国有土地所有者垄断。转让：二级市场，即符合法定条件的自由转让。